La sección principal de la Nave Botella se encuentra sospechosamente quieta. Desde este sector se accede a las demás secciones de la nave.
Biósfera
La biósfera es el primer sector de la nave. El clima cálido tropical de esta zona alberga a cantidades de criaturas selváticas sumamente agresivas y peligrosas.
Criósfera
La criósfera es el segundo sector de la nave. Sus temperaturas bajas son favorables a varias criaturas zebesianas conocidas a Samus.
Pirósfera
La pirósfera, una simulación de ambiente volcánico en el sector 3, está repleta de ríos y mares de lava. Increíblemente, hay bestias que incluso aquí logran adaptarse. Le hará falta la armadura Varia a Samus para protegerse de las temperaturas extremas.