Sombre et désert, le secteur principal de la Station-Bouteille est lugubrement calme. Il permet d'accéder aux autres secteurs, plus chaotiques, de la station.
Biosphère
Le Secteur 1 de la Sation-Bouteille est aussi appelé Biosphère. Ses paysages luxuriants et tropicaux abritent divers types de créatures de la jungle tels des Rios, Keyhunters et autres plantes carnivores mobiles.
Cryosphère
Le Secteur 2 de la Station-Bouteille est aussi appelé Cryosphère. C'est un lieu glacial couvert de bancs de neige. De nombreuses créatures semblables à celles de la planète Zèbes ne craignent pas ses températures, nettement en dessous de zéro.
Pyrosphère
La Pyrosphère, une zone de simulation volcanique englobant le Secteur 3, est inondée de courants de magma, étangs de lave et infestée d'une multitude de créatures adaptées à ces chaleurs extrêmes. Une puissante éruption volcanique rend la combinaison Varia de Samus indispensable.